Retenção de ISS - Interestadual para Rio de Janeiro

PRESTADOR DE SERVIÇO = SÃO PAULO
TOMADOR DE SERVIÇO = RIO DE JANEIRO

Bom dia!
Empresa contrata prestador de serviço do estado de São Paulo para prestar serviço no Rio de Janeiro.
Para realizar a apuração e a verificação fiscal me foi entregue duas notas Ficais. Uma nota foi a emitida pelo Prestador de serviço, emitida pela prefeitura de São Paulo, retendo um ISS de 3% e outra nota fiscal com o mesmo número... valor... dados... igual, só que emitida pela prefeitura do Rio de Janeiro e escrita, " Declaração de serviços tomados NFS(convencional)", essa nota veio com uma alíquota de 5% de ISS.

Gostaria de saber, alguém do fórum já se deparou com essa situação? Como devo realizar a análise e apuração do ISS? Com base na nota do Prestador ou com base na nota Emitida pela prefeitura do Rio?

Caro Rafael Fortes

No seu questionamento faltam destalhes importantes, o prestador é optanto do simples nacional? Qual o serviço executado (subitem)? Vc analisou as legislações dos dois municípios (CPOM - RJ eSP) ?