Boa Tarde Augusto.
No tocante a prestação de serviços de transportes sempre há alguns detalhes a serem priorizados.
Exemplo:
A operação foi intramunicipal? se sim terá de ser recolhido o ISS mas para reter corretamente será necessario ler a legislação do municipio onde o serviço foi prestado e tambem ler a legislação do ISS do municipio do prestador para saber se há isenção, incentivo, imunidade, etc.
Lembrando que conforme prescreve a Lei complementar 116 o ISS deve ser retido no local da prestação de serviço, por isso é interessante ter o dominio da legislação de ambos os municipios para aplicar a lei corretamente.
Porem se a prestação de serviços de transportes for interestadual ou intermunicipal, a competencia do mesmo é do ICMS, pois os serviços de transportes entre estados é municipios é de competencia estadual.
Espero ter ajudado e boa tarde.