Substituição Tributaria

Boa Tarde

Estou com duvida e gostaria de expor para que os colegas possam me ajudar
Estou fazendo o fiscal de uma Transportadora, com base no Lucro Presumido
no regime de Debito e Credito do ICMS.
EXEMPLO

Na saida das CTE ela calcula 12% de ICMS
R$ 1000.00 * 12% = 120,00 de ICMS a pagar

Na compra o que acontece, muita notas de compra de combustíveis
não vem com destaque de icms para credito, pois todas as notas
vem dizendo que o Icms recolhido por substituição tributaria. Como
faço para me apropria do credito da nota? Uma vez que vem Recolhido
por subs. tributaria e não há destaque de ICMS na NOTA FISCAL.

O pessoal aqui tem calculado a ST da seguinte forma:
1- Nota fiscal independente se do RJ ou de Outro Estado!
2-Olhar o NCM para ver se o produto tem ST e a margem MVA!
3-Faz-se o calculo da ST e depois calcula-se o Fecp também de produto por produto!

Pergunto?
O FECP é um Fundo somente do estado do RJ , entendo então que deveria ser calculado pela diferença de Saída realizada dentro do Estado memos a
Entrada realizada dentro do estado mensalmente?
O calculo da ST teria que ser verificado os protocolos e convênios?