Bruno, você não informa quanto tempo faz que você emitiu a NF e nem quais eram os erros para seu cliente não aceitar a carta de correção. Mas a SEFAZ também não vê com bons olhos nota fiscal de entrada muito tempo depois da saída. Se a única alternativa é emitir a NF de entrada é bem simples. Ela terá que ser identica a nota fiscal de saída, exceto:
1 - Natureza da operação, que no seu caso creio que seja Devolução
2 - Tipo de NF se nota mod 55 será "0" e não "1" ( onde "0" é Entrada )
3 - CFOP será o de entrada de devolução 1.201 se a nota de saída foi de venda de mercadorias, ou 1.202 se for revenda
4 - Em dados acidionais colocar: NF de devolução total referente a NF (mencionar a NF de Saída) do dia ?????, por motivo de ( mencionar um motivo para a devolução )
Este é o meu entendimento, aguarde a opinião dos demais colegas. Espero ter ajudado