Desconto do PIS e COFINS x Venda Zona Franca de Manaus

Mediante ao que expus abaixo, me esclareçam:

Tenho que gerar o desconto de ICMS e de PIS e COFINS, certo? Qual a maneira correta de realizar estes descontos? Pego o valor bruto do item, e desconto o PIS e COFINS, ou pego o valor total da Noa (já descontado o ICMS) e desconto o PIS e COFINS?

Anteriormente, por força da Portaria Suframa nº 162/2005 , a nota fiscal era emitida para a Zona Franca de Manaus, com a indicação do valor do abatimento referente às contribuições para o PIS-Pasep e para a Cofins.

Referida portaria determinava também que, quando se tratasse de nota fiscal destinada a contribuinte que apure o Imposto de Renda com base no lucro presumido, a indicação da Cofins e do PIS-Pasep incentivados era opcional e poderia, inclusive, ser dispensada mediante manifestação do destinatário declinando do abatimento previsto.

Entretanto, com o advento da Portaria Suframa nº 275/2009 , tais regras deixaram de existir, por considerar suficiente a orientação da Solução de Consulta nº 50/2006, da Superintendência Regional da Receita Federal da 10ª Região Fiscal, que dispensa a necessidade de outro detalhamento que não a simples menção do destino das mercadorias sujeitas a alíquota zero incidente sobre a Contribuição de PIS/PASEP na nota fiscal de venda de mercadoria destinada à Zona Franca de Manaus.

Sem prejuízo, devem constar também nas notas fiscais relativas à venda destinadas à Zona Franca de Manaus, a expressão "Venda de mercadoria efetuada com alíquota zero da Contribuição para o PIS/Pasep e da Cofins", com a especificação do dispositivo legal correspondente, conforme determina o art. 59 da Lei nº 12.350/10 .