Prezado Silvio, bom dia.
Como a Nota Fiscal de São Paulo não possui campo específico para informar a retenção dos impostos federais, você deve informar no corpo da Nota Fiscal a retenção.
E não se deve informar no campo "Deduções", isso incorreria em um erro, caso o sistema aceitasse a informação. Não de trata de uma dedução e sim de uma retenção. Ela não será abatida no valor líquido, somente deverá ser abatido no momento em que a empresa for receber do cliente.
O tomador do serviço é quem tem a obrigatoriedade de fazer a retenção se necessária, estando ela especificada na Nota Fiscal ou não. Por uma questão de simplificar o procedimento, as empresas fazem o preenchimento da retenção na nota fiscal, e no caso da NFS Paulista deve ser feito no corpo da Nota Fiscal.
Atenciosamente,
Cinthia Almeida
Contadora