Caro Francisco Anderson Gomes Figueredo
Sua pergunta me trouxe duvidas, o transporte de natureza municipal está previsto no subitem 16.01 da lista de serviço e portanto deve recolher ISS.
Porem se em seu município vc paga o ISS Fixo, normalmente não se exige NFS para esse tipo de ISS.
Já se faz transporte de natureza intermunicipal, deve emitir o CTRC para cargas ou a Nota de transporte de passageiros (modelo 7) para pessoas, mas ai fica sujeito ao ICMS. Lembrando que o Sped fiscal é para esses casos.
Att, Reinaldo Fonseca
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Cuidado com o "COSTUME", a Legislação muda.