NF devolução Armazém Geral (SP), Matriz (AM) e Filial (SP)

Bom dia!

Empresa, Lucro Real, possui matriz no AM e filial em SP. AM produz mercadorias e as transfere para Armazém Geral, terceiro, em SP. No momento da venda, faz-se uma NF de AM, sem destaque dos impostos e outra do Armazém Geral (SP), com destaque dos impostos para o cliente que não é consumidor final.

Minha dúvida é quanto à NF de devolução dessa venda: como o cliente deve proceder na emissão de NF de devolução, tendo em vista que a saída ocorreu com ICMS 18% (armazém geral em SP) e AM possui alíquota de ICMS 12%?

Antecipadamente agradeço.

Tatiana.