Eduardo, Bom Dia.
Ela poderá efetuar venda das duas maneiras desde que conste não seu ato constitutivo que ele é uma industra que vende e presta serviços ( não não constar isso no objeto social, e em seus CNAES é só altera-la)
Neste casa vamos detalhar a sua pergunta:
Se vocês comprarem uma mercadoria para a mesma ser transformada e posteriormente vendida, neste caso será necessario emitir a nota fiscal eletronica, pois esta venda será tributada pelo ICMS e o credito tributario é pertinete ao estado de São Paulo, pois a mercadoria foi vendida.
Porem, se algum cliente fornecer a mercadoria pra vocês e fvocês somente transformarem o produto e devolverem para o cliente posteriormente revender, neste caso será necessario emitir nota fiscal paulista no site da prefeitura, pois como vocês somente prestaram a venda da prestação de serviços o imposto será tributado pelo ISS, e pertinente a prefeitura, sempre lendo e em concordancia com a legislação do minicipio.
Espero ter ajudado e bom dia.