Severino bom dia...
Os certificados digitais não tem stress, basta ter o atual.
As notas de entrada tem duas opções:
1 - tentar pegar o que puder por meio de manifestação eletrônica
2 - correr atrás dos fornecedores...
Se tiver as chaves, o que acho que não é o teu caso, daí podes tentar buscar as notas pelo site da receita...
Existem programas que buscam as notas de determinada empresa, porém tem que ver se vai funcionar para 2012 por exemplo...
A empresa é de SP???
Por que assim: SC, RS, ES e MS até onde sei, as respectivas SEFAZ tem uma área aonde se acessa sempre com usuário e senha e pode-se pesquisar TODAS as NF-es de entrada e saída de determinada empresa. Como ainda não tive acesso a esta área daí são sei se SP tem este serviço...
Em todos os casos você terá a relação de chaves.
O sistema no qual trabalho com a relação de chaves ele te busca os dados no site da RFB....
E se a empresa for do SN, você pode buscar os faturamentos no site do SN mesmo.
Só lembrando que o tempo de guarda desdes documentos é o mesmo das notas de papel...
Assim a fiscalização pode te pedir por todos estes arquivos.
Por exemplo a SEFAZ/RJ andou intimando algumas empresas do MG a entregar todas as NF-es emitidas contra empresas do RJ.
E é aquela intimação com aquele prazo camarada de 5 dias...
Uma solução para o futuro é a sua empresa contratar um serviço de guarda na WEB desdes documentos, como forma de organizar e ter como backup...