Felipe,
Sim, deve-se pagar o diferencial de alíquotas, sendo que será aplicado sobre a compra, a diferença da alíquota interna pela interestadual, sendo que a alíquota interestadual será de:
4% para mercadorias importadas
12% para as demais mercadorias
A base legal está transcrita abaixo.
Art. 115
XV-A - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - "Simples Nacional", até o último dia do segundo mês subsequente ao da entrada: (Redação dada ao "caput" do inciso, mantidas as suas alíneas, pelo Decreto 59.967, de 17-12-2013, DOE 18-12-2013; produzindo efeitos em relação aos fatos geradores que ocorrerem a partir de 01-01-2014)
a) de mercadoria destinada a industrialização ou comercialização, material de uso e consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, o valor resultante da multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar federal 123/2006, art. 13, § 1°, XIII); (Redação dada à alínea pelo Decreto 52.858, de 02-04-2008; DOE 03-04-2008)
...
§ 8º - Para fins do disposto na alínea "a" do inciso XV-A, a alíquota interestadual a ser adotada será a de: (Redação dada parágrafo pelo Decreto 58.923, de 27-02-2013; DOE 28-02-2013; Efeitos desde 1º de janeiro de 2013)
1 - 4% (quatro por cento), nas operações com mercadorias abrangidas pela Resolução do Senado Federal nº 13, de 25 de abril de 2012;
2 - 12% (doze por cento), nas demais operações.
Att.
Adalberto