Não tenho como te mostrar o embasamento legal dizendo que, no campo da BC ICMS, deve-se inserir o valor já reduzido, mas posso te dar a certeza de que é assim o correto a se fazer.
Aqui há um bom exemplo da situação, direto do SEFAZ-SP (segue o link logo abaixa do trecho):
Redução de base de cálculo
Essa é uma regra de diminuição de tributação que beneficia operações e prestações específicas, reduzindo em determinado percentual o valor que serve para base de cálculo do ICMS.
O benefício da redução da base de cálculo é apresentado no artigo 51 e no Anexo II do RICMS.
Exemplo:
Valor da operação: R$ 5.000,00
Alíquota aplicada: 12%
ICMS = R$ 5.000,00 x 12% = R$ 600,00
Base de cálculo reduzida em 20% = R$ 4.000,00
ICMS = R$ 4.000,00 x 12% = R$ 480,00
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http://www.fazenda.sp.gov.br/contas/reducao.shtm