Desconto de refeições sobre os serviços prestados

Prezados,

Boa tarde!

Trabalho em uma empresa e ela possui um refeitorio terceirizado. Estamos fazendo uma obra na empresa e contratamos uma outra empresa, nesse intervalo a empresa que contratamos usou o nosso refeitorio terceirizado e no momento do fechamento das mediçoes referentes as obras, descontamos essas refeições que foram consumidas por eles.

A empresa está alegando que pode ser autuada pela prefeitura porque nos descontamos um valor referente aos serviços prestados por ela a nossa empresa. Exemplo: Medições ref. obra 1000 - 200 alimentações fornecidas no periodo. A empresa emitiu uma NF no valor de 800 e a prefeitura deixou de receber o iss referente a 200. Gostaria de saber dos amigos se existe uma forma da gente se resguardar quanto a isso e se existe outro procedimento caso dessa forma esteja errado.

Obrigado,

Daniel Chiste