Cálculo do campo ISENTO ICMS em NFe com redução da B.C e des

Bom dia a todos,

trabalho em uma indústria de Minas Gerais que produz aditivo para nutrição animal.
Nosso produto, sulfato de ferro monohidratado NCM: 28332990, possui uma redução de 60% na base de cálculo do ICMS para fora do estado, de acordo com o anexo IV do item 8 alínea b do RICMS/MG.
Sabemos também que a diferença entre o ICMS com a base cheia e o ICMS com a base reduzida deve ser concedido ao nosso cliente como um desconto.

Um exemplo da nossa operação em um caso de venda para SP seria:

Valor total dos produtos: R$ 12.521,60
Alíquota aplicada: R$ 12%
ICMS cheio = R$ 12.521,60 x 12% = R$ 1.502,59
Base de cálculo reduzida em 60%: R$ 5.008,64
ICMS reduzido = R$ 5.008,64 x 12% = R$ 601,04

Diferença entre ICMS cheio e ICMS reduzido = R$ 1.502,59 - R$ 601,04 = R$ 901,55

Como essa diferença deve ser repassada como desconto para o cliente, temos:
Valor líquido da nota = R$ 12.521,60 - R$ 901,55 = R$ 11.620,05

O meu problema esta no cálculo do campo ISENTO ICMS do livro fiscal.
O sistema que estamos usando, um ERP da TOTVS, cálcula o ISENTO ICMS como o valor da base cheia, sem redução, menos a base tributada:
ISENTO ICMS: R$ 12.521,60 - R$ 5.008,64 = R$ 7.512,96

A minha contabilidade porém tem feito diferente, calculando o valor do campo como sendo o valor líquido, com desconto, menos a base tributada:
ISENTO ICMS: R$ 11.620,05 - R$ 5.008,64 = R$ 6.611,41

O pessoal da TOTVS diz que o cálculo do sistema é padrão, e caso tenha que ser feito de forma diferente eu devo enviar para eles algum embasamento legal para o cálculo dessa forma.
A minha contabilidade bate o pé que está fazendo o cálculo certo porém não consegue me mandar o que a lei define para esse cálculo.

Alguém do fórum pode me orientar sobre a forma correta de calcular o isento icms ? É com o valor bruto ? Líquido ?
Todo tipo de opnião sobre o caso é bem vinda.

Desde já agradeço a atenção.

Abraços.

Boa tarde Lucas Gonçalves Lamas.

Esse desconto que oferece a seus cliente ao meu deve ser no custo do produto e não em NF. Exemplo calculo o custo da mercadoria para fora do estado em 1000,00 com ICMS já embutido, a operação é beneficiada por uma redução logo meu novo custo seria de 950,00 creio que deveria fazer dessa forma, e resolveria os problemas da contabilidade e do sistema. O sistema continuaria fazendo a sua parte de jogar a diferença para isento, e a contabilidade também faria da mesma forma porque não teria mais desconto destacado em NF e sim no custo final do seu produto.

Mas isso é só um entendimento que tenho dessa operação, creio que sua contabilidade deveria fornecer toda base legal para garantir a operação. Os colegas com opiniões diferentes podem postar para deixar mais rica a discussão.

Espero ter ajudado

Obrigado pela resposta Júlio.
Entendo seu ponto de vista porém me informaram que esse desconto deve estar destacado na nota fiscal, inclusive com a informação:
"ICMS dispensado na operação:"
Parece que, antes de eu trabalhar aqui, a empresa foi autuada por não deixar essa informação clara.
Minha dúvida é que, pela lógica, o valor isento de icms deveria ser a base menos o que foi tributado. Como base eu entendo o valor do qual eu parto para fazer todos os outros cálculos, ou seja, o valor bruto.
Essa, na minha opnião, é a lógica. Gostaria de saber o que diz a LEI.