Olá Luana
As hipóteses de estorno de crédito do ICMS permitidas pela legislação são:
a) Vier a perecer, deteriorar-se ou for objeto de roubo, furto ou extravio;
b) For objeto de saída ou prestação de serviço não tributada ou isenta, sendo esta circunstância imprevisível à data da entrada da mercadoria ou da utilização do serviço;
c) For integrada ou consumida em processo de industrialização ou produção rural, quando a saída do produto resultante não for tributada ou estiver isenta do imposto, sendo esta circunstância imprevisível à data de entrada da mercadoria ou à utilização do serviço;
d) Vier a ser utilizada em fim alheio à atividade do estabelecimento;
e)Para industrialização ou comercialização, vier a ser utilizada ou consumida no próprio estabelecimento;
f)For integrada ou consumida em processo de industrialização ou produção rural, ou objeto de saída ou prestação de serviço, com redução da base de cálculo, sendo esta circunstância imprevisível à data da entrada da mercadoria ou da utilização do serviço, hipótese em que o estorno deverá ser proporcional à parcela correspondente à redução; e
g)Estiver acobertada por documento fiscal que, após decorridos os prazos de que trata o § 2° do artigo 212-P, não tenha sido registrado ou apresente divergências entre os dados nele constantes e as informações contidas no respectivo Registro Eletrônico de Documento Fiscal (REDF) .
Veja que seu caso não se encaixa em nenhuma das hipóteses. Inclusive você apropriou de um crédito não permitido em lei fazendo com que seu saldo credor amortizasse seu saldo a recolher nos meses em que houve recolhimento. Assim sendo, a forma legal de corrigir isso é retificar os lançamentos, as apurações e gia. Inclusive recolher com juros e multa o saldo que ficou devedor menor em função dos créditos indevidos.
Infelizmente é trabalhoso, mas é a forma correta. Quem te orientou a fazer um estorno na Gia encontrou a forma mais fácil, mas não tem embasamento legal. Alias qual seria o embasamento do estorno do crédito? Foi te passado algum pra analisarmos?
Base Legal: Artigos 67, caput e § 2º e 212-P do RICMS/2000-SP (UC: 13/02/14).
Complementando: supondo que você adquiriu um material de uso e consumo e portanto não se creditou do ICMS e por algum motivo precisou devolver o material, terá de destacar o ICMS em sua nota de devolução para que o fornecedor possa se creditar na entrada dele. Neste caso é que você deve fazer o estorno de débito do icms destacado em sua saída. Uma vez que não se creditou na entrada, mas teve que destacar na saída, pelo princípio da não cumulatividade cabe o estorno do débito.