Bom dia,
O Art. 115, inciso XV-A do RICMS/SP cita que o recolhimento do diferencial de alíquotas deve ser feito ATÉ o último dia do segundo mês subsequente ao da entrada, não vejo problemas com relação ao pagamento ter sido antecipado.
No entanto o Art. 2º da Portaria CAT 75/08 menciona que o recolhimento do diferencial e alíquotas deve ser feito através de GARE-ICMS (cód. 0-632) e não por GNRE como seu fornecedor recolheu.
Acredito que seja mais prudente verificar junto ao plantão fiscal para não ser cobrado novamente por esta NF.
Abraços.
RICMS/SP
Seção III
Do Pagamento por Guia de Recolhimentos Especiais
Artigo 115 - Além de outras hipóteses expressamente previstas, o débito fiscal será recolhido mediante guia de recolhimentos especiais, observado o disposto no artigo 566, podendo efetivar-se sem os acréscimos legais, tais como a multa prevista no artigo 528 e os juros de mora, até os momentos adiante indicados, relativamente aos seguintes eventos (Lei 6.374/89, art. 59, Convênio ICM-10/81, cláusulas primeira e terceira, Convênio ICMS-25/90, cláusulas terceira e quarta, II, e Convênio ICMS-49/90):
XV-A - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - "Simples Nacional", até o último dia do segundo mês subsequente ao da entrada: Alterado pelo Decreto n° 59.967/2013 (DOE de 18.12.2013), efeitos a partir de 01.01.2014 Redação Anterior
a) de mercadoria destinada a industrialização ou comercialização, material de uso e consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, o valor resultante da multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar Federal 123/2006, art. 13, § 1°, XIII); Alterado pelo Decreto n° 52.858/2008 (DOE de 03.04.2008), efeitos a partir de 03.04.2008 Redação Anterior
PORTARIA CAT N° 075, DE 15 DE MAIO DE 2008
(DOE de 16.05.2008)
Art. 2° - o valor total do imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual, apurado na totalização do relatório demonstrativo, deverá ser recolhido por meio de Guia de Arrecadação Estadual - GARE-ICMS, indicando o código de receita 063-2 (outros recolhimentos especiais), até o último dia útil da primeira quinzena do mês subseqüente ao da entrada.