Prezado Felipe, bom dia.
Analisando mais de perto, no art. 94 § 2 da Resolução 94/2011:
§ 2 º O MEI terá isenção dos tributos referidos nos incisos I a VI do caput do art. 13 da Lei Complementar nº 123, de 2006, observadas as disposições dos §§ 1 º e 3 º do mesmo artigo e ressalvada, quanto à contribuição patronal previdenciária, a hipótese de contratação de empregado prevista no art. 96. (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 18-A, § 3 º , inciso VI e art. 18-C).
No Art. 13 da LC 123/2006. § 1 temos:
§ 1º O recolhimento na forma deste artigo não exclui a incidência dos seguintes impostos ou contribuições, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, em relação aos quais será observada a legislação aplicável às demais pessoas jurídicas:
V - Imposto de Renda, relativo aos rendimentos ou ganhos líquidos auferidos em aplicações de renda fixa ou variável;
VI - Imposto de Renda relativo aos ganhos de capital auferidos na alienação de bens do ativo permanente;
Com esses entendimentos, não seria devido o IR relativo ao ganho de capital?
Atenciosamente,