caro colega, quando vc compra uma mercadoria o icms que vc recupera já vem destacado na nota fiscal, ou seja, esse icms destacado é o que vc vai recuperar. Quando vc vende essa mercadoria, esta tem que ser tributada pela alíquota interna do seu estado. Porém como vc tem crédito de icms (compra), e tem um obrigação a pagar, é só transferir esse valor do crédito a recuperar para o recolher, e a diferença é o que vc pagar para o seu estado.
Ex- Vc compra uma mercadoria do estado da Bahia no valor de 1000,00 , com uma aliquota de 12%, então vc tem o direito de se creditar de 120,00. Quando vc for vender essa mercadoria, pelo valor de 2000,00 e a alíquota interna do seu estado for 18%, então vc vai ter 360,00 a recolher. Quando vc for pagar o tributo, como tem 120,00 a recuperar o seu valor a pagar é a diferenca, ou seja, 360,00-120,00=240. Esse valor é o que vc vai pagar.
Espero ter lhe ajudado.