Procedimento normal. Mas é capaz de haver algum erro devido a CFOP´s diferentes e ele acaba por não reconhecer. Então a solução será lançar a GIA manualmente, dividindo os CFOP´s de entrada e os de saida, destacando os impostos nos seus devidos campos e separando por estado as operações interestaduais. Não tem segredo, pode ser meio complicado de inicio e também cansativo, mas é bem simples.
Tenho um cliente que é uma industria de cosméticos e está no mesmo regime de ICMS, demorou um pouco pra pegar o jeito, mas o próprio sistema da GIA informa qual informação não está consistente. E depois de feita é só gerar e enviar, e é lógico, conferir o valor do importo e imprimir a GARE.
Espero ter ajudado.
Abços e boa sorte.
Qualquer coisa, me envie um e-mail: @Oculto