Mayko
Na emissão do CT-e não haverá destaque de ICMS, pois se trata de empresa do Simples Nacional, portanto, no CST você irá informar SIMPLES NACIONAL, não havendo BC do ICMS, Alíquota e Valor.
Já para apuração do Simples Nacional você está enquadrado no Anexo III Seção V Tabela 1 com alíquota inicial em 1,25%, situação sem ST do ICMS.
Você só usará a tabela Tabela 2 quando for subcontratação, isso porque o ICMS é obrigação da empresa contratante, portanto, para sua empresa não haveria recolhimento de ICMS na guia do Simples, ou também quando houver algum tipo de isenção, o que eu acho meio difícil, pois não costuma haver benefícios para transportadores do SN, pois o próprio SN já é um benefício.
Att.