Bom dia Marcelo,
Na internet tem um ótimo material sobre regime especial:
http://www.tax-contabilidade.com.br/matTecs/matTecsIndex.php?idMatTec=131
Também encontrei a portaria que normatiza as formas de obter o regime especial:
SEÇÃO II - Da Apresentação do Pedido
Artigo 4º - O pedido de concessão de Regime Especial deverá ser apresentado pelo estabelecimento-matriz do interessado ao Posto Fiscal a que estiver vinculado, em:
§ 2º - Situando-se o estabelecimento-matriz em outra unidade da Federação e ocorrendo a hipótese de serem os estabelecimentos filiais localizados neste Estado os únicos interessados na adoção de Regime Especial, o pedido será formulado pelo estabelecimento principal localizado neste Estado, assim entendido aquele eleito pelo contribuinte como tal, e deverá ser apresentado ao Posto Fiscal a que estiver vinculado.
Portaria CAT- 43, de 26-04-2007
Agora eu acho que para sua situação teria a opção de inscrição estadual de substituto tributário, você já tentou essa opção?
Nesse link tem algumas condições para essa inscrição:
http://www.pfe.fazenda.sp.gov.br/st_entradas.shtmEstou fazendo um material sobre isso, gostaria de ouvir a opção de vocês .