fernando , veja o que o ricms/rs fala:
Seção VII
Da Compensação
Art. 60 - Poderá ser compensado pelo contribuinte: Acrescentado pelo Decreto n° 43.700/2005 (DOE de 30.03.2005) efeitos a partir de 01.02.2005
I- independentemente de requerimento, o imposto indevidamente pago, mediante creditamento de seu valor, o qual deverá ser efetuado:
a) na hipótese de pagamento anterior a 1° de janeiro de 2010: Acrescentado pelo Decreto n° 46.997 / 2010 (DOE de 12.02.2010) vigência a partir de 01.01.2010
1 - monetariamente atualizado até 1° de janeiro de 2010, segundo os mesmos critérios aplicáveis ao tributo, vedada a atualização monetária após essa data; Acrescentado pelo Decreto n° 47.491 / 2010 (DOE de 22.10.2010) vigência a partir de 22.10.2010
2 - acrescido dos juros equivalentes à taxa referencial do Sistema Especial de Liquidação e de Custódia - SELIC para títulos federais, acumulada mensalmente, calculados de 1° de janeiro de 2010 até o mês anterior ao do creditamento, e de 1% (um por cento) no mês do creditamento; Acrescentado pelo Decreto n° 46.997 / 2010 (DOE de 12.02.2010) vigência a partir de 01.01.2010
b) na hipótese de pagamento efetuado a partir de 1° de janeiro de 2010, acrescido dos juros equivalentes à taxa referencial do Sistema Especial de Liquidação e de Custódia - SELIC para títulos federais, acumulada mensalmente, calculados do primeiro dia do mês subseqüente ao do pagamento indevido até o mês anterior ao do creditamento, e de 1% (um por cento) no mês do creditamento. Acrescentado pelo Decreto n° 46.997 / 2010 (DOE de 12.02.2010) vigência a partir de 01.01.2010
a) 10 (dez) parcelas mensais e iguais; ou
b) no caso de pagamentos indevidos superiores a R$ 30.000.000,00 (trinta milhões de reais), 6 (seis) parcelas mensais e iguais.
Sedo assim,a credito que vc pode fazer a compensação diretamente na ficha gráfica e deixar arquivado a guia paga em duplicidade com os devidos comprovantes de pagamento na apuração de icms para eventuais fiscalizações.