Olá João Paulo,
verifique a seguinte situação: se ele comprou de pessoa física não obrigada a cadastro de contribuinte, pode emitir uma nota fiscal de entrada, com os dados da pessoa física que vendeu, com data anterior à data da nota fiscal de saída que será emitida com a devida apuração de impostos. Depois é só fazer a contabilização da entrada e saída como a de qualquer outra mercadoria.
No entanto, se ele comprou de pessoa jurídica, a aquisição foi feita de maneira irregular e o correto seria ele providenciar a nota fiscal de entrada com a empresa, até mesmo para que consiga manter os processos de escrituração de estoques em ordem, por exemplo.
Respondendo à sua pergunta principal, se ele vende a mercadoria sem a entrada dela no estoque por meio da escrituração fiscal formal, está confirmando a aquisição por meios irregulares, o que indica, sonegação, além das outras irregularidades que isto implica, como a não contabilização de recursos financeiros (popular caixa 2). É como vender uma mercadoria que nunca existiu na empresa dele.
Aqui no PR, a maioria das empresas estão obrigadas a emissão da NF-e ou NF com escrituração eletrônica e também ao uso dos códigos NCM/SH em todas as mercadorias, o que ajusta e muito o controle de estoque das empresas; e a idéia é essa mesma. Aqui, como exemplo, após a emissão de uma nota fiscal com entrada irregular, a saída desta mercadoria com nota fica registrada de maneira mais clara, pelo uso de um código que nunca entrou.
É válido lembrar que as irregularidades somente são percebidas por meio de uma fiscalização física dos documentos.
É também importante ressalvar, que os processos que eu disse acima, são considerados de forma genérica. No caso específico de produtos e insumos agrícolas, é bom verificar se há legislação específica, municipal ou estadual para maior entendimento.
Espero tê-lo ajudado.
Att, Ana Paula Rodrigues