Alencar,
Para empresas do Simples Nacional o cadastro no sistema é indiferente visto que a apuração do imposto é feito via PGDAS.
Esta questão de ISS ou ICMS, já vem sendo discutindo a muito tempo entre os provedores, aconselho seguir os procedimentos abaixo:
O que for serviço de comunicação, tributa-se com o anexo III, tirando o ISS e acrescentando o ICMS.
O que for serviços de instalação/adesão, tributa-se com anexo III normal sendo a emissão de NF de serviços "prefeitura".
A escrituração das NF Mod 21, será de acordo com a Cláusula quinta do Convênio 115/03:
Cláusula quinta Os documentos fiscais referidos na cláusula primeira deverão ser escriturados de forma resumida no Livro Registro de Saídas, registrando-se a soma dos valores contidos no arquivo “Mestre de Documento Fiscal”, e agrupados de acordo com o previsto no § 4º da cláusula quarta, nas colunas próprias