Bom dia Douglas,
Olha, não posso, por questões éticas, me manifestar sobre os honorários do colega, e não tenho conhecimento do mercado na sua área para saber se o preço está na média ou não.
Aqui no meu escritório também cobramos 13ª mensalidade, além de alguns outros serviços extras.
Quanto ao imposto de renda pessoa física, de fato, você não está obrigado só por possuir uma empresa. E de fato, precisa ser cobrado à parte. Você paga ao contador para fazer a contabilidade da sua empresa, da pessoa jurídica. Serviços para a pessoa física, em princípio, não são contemplados por isto, podendo ser, caso estipulado em contrato. Caso o contador queira lhe fazer alguma cortesia de cobrança da declaração ou outros serviços, é por conta dele.
Procure saber sobre o seu livro Diário. Isso é, de fato, é a sua contabilidade.
O imposto é calculado para sobre o faturamento, as despesas não são utilizadas para fins fiscais, apenas para fins contábeis.
Quanto a ele querer que você emita as notas, ele está correto. A emissão das notas é atribuição da empresa, podendo o contador emiti-las sim, mas a atribuição primeira é da empresa.
Lamento que o sr. não enxergue o devido valor nos serviços contábeis que lhe são prestados, mas tenho a informar que não basta entrar no site da simples e jogar os valores lá, um serviço de contabilidade bem feito e responsável requer muito estudo, dedicação e conhecimento para isto. Basta você ver a quantidade de questionamento levantados neste próprio site. Talvez o resultado que chega a sua, chegue de forma tão simples, que pareça pouco, mas não é.
Realmente, eu aconselho o senhor a sentar com o seu contador e expor para ele as suas percepções sobre o serviço que o senhor recebe, converse sobre o preço, procure saber sobre o que ele faz exatamente, cobre os seus direitos como o livro diário e tudo mais. Pois existe um ruído grande entre você e seu contador que não permite uma relação adequada entre valor e preço.
Um abraço