Geovane, boa tarde.
Na situação que você expôs, vejo dois momentos:
A alteração do RPA para SIMPLES Nacional;
E o subsequente desenquadramento do SIMPLES Nacional, voltando ao RPA.
Para a segunda situação, quando a empresa volta ao RPA, o RICMS-SP dá a tratativa quanto a apropriação dos créditos, conforme abaixo:
Artigo 63 - Poderá, ainda, o contribuinte creditar-se independentemente de autorização:
...
IX - do valor do imposto relativo às mercadorias existentes no
estoque, no caso de enquadramento no Regime Periódico de Apuração - RPA após exclusão do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - Simples Nacional.
Neste
link há procedimentos para esta situação.
Já em relação ao primeiro momento (alteração do RPA para SIMPLES Nacional), penso ser necessário proceder com o estorno do saldo de
ICMS remanescente. Lembro-me de passar por situação semelhante quando trabalhei em escritório de
contabilidade, mas, lhe confesso que não me recordo, e também não estou conseguindo encontrar nada na legislação que trate pontualmente desta situação.
Continuarei pesquisando, e caso encontre alguma coisa, volto a postar.