bom dia
Não me parece que a legislação do SN tenha sofrido alteração em relação a diferença de alíquota. O texto abaixo foi extraído da LC 123/2006 e não consta alteração na redação:
§ 1o O recolhimento na forma deste artigo não exclui a incidência dos seguintes impostos ou contribuições, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, em relação aos quais será observada a legislação aplicável às demais pessoas jurídicas:
XIII - ICMS devido:
g) nas operações com bens ou mercadorias sujeitas ao regime de antecipação do recolhimento do imposto, nas aquisições em outros Estados e Distrito Federal:
h) nas aquisições em outros Estados e no Distrito Federal de bens ou mercadorias, não sujeitas ao regime de antecipação do recolhimento do imposto, relativo à diferença entre a alíquota interna e a interestadual;
§ 5º A diferença entre a alíquota interna e a interestadual de que tratam as alíneas g e h do inciso XIII do § 1º deste artigo será calculada tomando-se por base as alíquotas aplicáveis às pessoas jurídicas não optantes pelo Simples .
Veja também a redação da Conforme Portaria CAT nº 75/2008:
Art. 1° - o contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, relativamente à entrada, em seu estabelecimento, de mercadoria destinada a industrialização ou comercialização, material de uso ou consumo ou bem do ativo permanente, remetido por contribuinte localizado em outro Estado ou no Distrito Federal, deverá elaborar relatório demonstrativo das operações de entrada interestaduais ocorridas no período de apuração, indicando, para cada operação..
O que está suspenso para o Simples Nacional é o Convênio 93/2015 que trata da diferença de alíquota na venda interestadual para consumidor final, conforme dispõe a Emenda Constitucional 87/15 que determina que o remetente aplique a difal e recolhe parte para a UF de origem e parte para a UF de destino.
Com base nisto, seria melhor você conversar novamente com seu contador.
atn