Caro Mauricio Guerreiro, não há impedimento de de uma entidade sem fins lucrativos efetuar vendas, a situação é o seguinte, "destinação das receitas", é diferente auferir receita e ter lucro, o que não pode ter é distribuição de lucros.
A regularização para venda é a mesma que um "bar" por exemplo, não há diferença em relação a essas vendas, afinal, para o Estado (ICMS) haverá tributação (bebidas alcoólicas não haverá tributação pois estão sujeitas ao regime de ST, mas o fato gerador do imposto ocorre) .
Sendo assim, a venda para manter o estabelecimento é permitido, o lucro que é impedido.