Bom dia!
Também fiquei muito em duvida nessa questão.
As orientações que tive é que a parcela para MG será apurado junto com ICMS NORMAL.
Muitos sistemas já se adaptaram para fazer a transferência do debito do ICMS DIFAL lançado separadamente por nota para a apuração do ICMS NORMAL, ajustando em "Outros débitos", com isso, será gerado uma única guia de DAE no final da apuração mensal.
Na DAPI será lançado também no campo de 74.
Veja o que diz a OT nº 002/2016 (pág. 13):
"Acrescente se que os valores efetivamente recolhidos ao Estado de Minas Gerais, a título de diferencial de alíquota nas operações ou prestações interestaduais destinadas a consumidor final não contribuinte do ICMS localizado em outra unidade da Federação,
durante a vigência da regra transitória acima citada, que produzirá efeitos durante os anos de 2016, 2017 e 2018, poderão ser compensados com o montante cobrado nas operações ou prestações anteriores, caso em que o contribuinte deverá totalizar o valor devido no período de apuração e lançar o respectivo valor no campo 74 do quadro Outros Créditos/Débitos da Declaração de Apuração e Informação do ICMS - DAPI"
www.fazenda.mg.gov.br
Lembrando que os ajustes do SPED também deveram se feito da mesma maneira nos registros E111, E300, E310, E311 E E316.