Prezado Edson, bom dia.
Levando em consideração que a administradora e condomínio são de Natal, de acordo com regulamento de ISS do mesmo município, deve ser enviada a DDS do condomínio recolhendo o ISS Substituto sobre os serviços prestados.
Após o recolhimento efetuado, estando em posse também dos comprovantes de retenção, creio que caberia restituição do ISS recolhido, uma vez que não seria possível a substituição.
Vejamos o que diz o regulamento de ISS :
Art. 5º. São responsáveis, pela retenção e pelo recolhimento do Imposto Sobre Serviços – Imposto Sobre Serviços:
(...)
XVIII – o condomínio, pelos serviços que lhes forem prestados.
(...)
§ 3º. Os responsáveis a que se refere este artigo estão obrigados ao recolhimento integral do imposto devido, multas e demais encargos, independentemente de ter sido efetuada sua retenção na fonte.
Com relação a substituição da nota fiscal:
Art. 92-A. As Notas Fiscais de Serviço Eletrônica - NFS-e emitidas por ocasião da prestação de serviços devem ser previamente autorizadas pela repartição competente.
§ 1º – Quando se tratar de NFS-e o contribuinte pode, no prazo de 1 (um) ano contado da primeira emissão, substituí-la uma única vez, possibilitando a modificação de quaisquer dados que a componha, exceto se, após o dia 10 do mês subsequente ao da ocorrência do fato gerador, a nova NFS-e vier a:
I – reduzir o tributo a ser pago;
II – alterar a data da prestação do serviço para momento posterior;
III – atribuir a responsabilidade pelo recolhimento do tributo ao tomador do serviço.
Persistindo dúvidas, por favor, volte a postar.
Atenciosamente,