Bom dia, Cristiani Costa !
De antemão, vejo uma questão preocupante no seu processo de fatura: a utilização do CST 000 - "Tributado integralmente" sem que haja o destaque dos tributos para recolhimento de ICMS Diferencial de Alíquotas para a UF de Destino de seu cliente, conforme estipulado pela Emenda Constitucional nº 87/2015. Creio que você terá problemas com essa questão.
Tratando-se da operação em si, não vejo motivo pelo qual a mesma está sendo tratada como interestadual, uma vez que o translado da posse e propriedade do bem se dá em seu estabelecimento: mesmo que o cliente não esteja presente na sua empresa, a peça é vendida no RJ para ser utilizada na sua oficina também sita no RJ. Mostra-se, assim, se tratar de uma operação estadual.
Exemplifico, ainda, da seguinte maneira: um cliente da UF XX vem à sua empresa e adquire uma unidade de óleo de motor para usar na lubrificação do veículo. Ele adquire na sua empresa, e naquele momento ele toma posse do produto e leva consigo, para ser usado numa oficina na cidade dele (lembrando que fica na UF XX, diferente de RJ). Não é pelo fato de que ele vá levar esse produto para a UF que ele mora que você fará a emissão do documento fiscal com CFOP 6.108 , no meu entender. A operação acontece ali, na sua empresa, e onde ele vai utilizar o produto não cabe ao conhecimento seu. Dessa forma compreendo que, também, a peça adquirida para o conserto do veículo, que está acontecendo na oficina da própria concessionária, é uma operação estadual, e não interestadual. Nesse contexto, deixa-se de existir a necessidade de utilização do CFOP 6.108 para utilizar-se o CFOP 5.102 - Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros, anulando o advento de cobrança do ICMS Diferencial de Alíquotas. É fato que para tal é preciso que o faturamento seja feito com o endereço do cliente, quando da emissão da NF-e, seja o mesmo da sua concessíonária, e que no campo de Dados Adicionais do DANFe seja informado - como já acontece, segundo seu relato - que a peça adquirida está sendo utilizada na oficina da concessionária para prestação do serviço de mecânica, o qual creio que está sendo devidamente faturado junto ao município para recolhimento do ISS pertinente.
Em síntese, o recolhimento do ICMS para a UF de Destino do seu cliente continuará não acontecendo, uma vez que não há fato gerador para ele; todavia, o que acredito precisar ser remoldado é o modus operandi desse faturamento, a fim de não emitir-se mais NF-e´s com CFOP 6.108 gerando documentos que podem balizar a requisição de recolhimento do ICMS Diferencial de Alíquotas para as UF´s de Destino dos seus clientes.
Espero ter ajudado!