Emissão Nota Fiscal de Serviço Futuro

Prezados,

Tenho a seguinte dúvida:
Em caso de empresas prestadoras de serviços médicos, deverá ser emitida a Nota Fiscal no valor total do tratamento clinico?
Se sim, qual será o procedimento deverá ser adotado caso o paciente pague algumas parcelas e desista do tratamento?
Se não, qual seria a forma ideal? Emitir a Nota Fiscal no ato da prestação do serviço?

Estou enfrentando essa dificuldade com uma de nossas empresas, o valor do ISSQN Próprio pago é bem alto, entrei em contato com o financeiro sobre a questão e me disseram que quando um cliente não paga, não é feito nada, já que ninguém deve ninguém, porque nem o serviço foi prestado nem o cliente usufruiu do mesmo, por isso na Contabilidade não posso reconhecer como PECLD.
Minha maior preocupação é que o ISSQN não é recuperado. Caracterizando (no meu entendimento) prejuízo para o meu cliente.

Dados complementares:
Regime Tributário da empresa: Presumido

Cara Daniella Christina Santos Souza,

Seu caso é semelhando ao de escolas particulares, entes de iniciar o ano, existe a formalização de um contrato, porem as NFS-e são emitidas conforme o serviço é executado, mês a mês.

Pelo que entendi de sua duvida, deve anotar o mesmo procedimento, na contratação fazer um contrato, e conforme o serviço vá sendo executado emitir a NFS-e em conformidade com a execução (conforme o serviço que foi executado). No entanto se o contrato não for cumprido, entendo que, deva fazer tb um distrato.