Fabíola bom dia,
Em meu entendimento, o MEI deverá recolher o diferencial de alíquotas, vejamos a legislação vigente.
CGSN 94/2011
Art. 94. Na vigência da opção pelo SIMEI não se aplicam ao MEI:
§ 2º O MEI terá isenção dos tributos referidos nos incisos I a VI do caput do art. 13 da Lei Complementar nº 123, de 2006, observadas as disposições dos §§ 1º e 3º do mesmo artigo e ressalvada, quanto à contribuição patronal previdenciária, a hipótese de contratação de empregado prevista no art. 96. (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 18-A, § 3º, inciso VI e art. 18-C)
Lei Complementar nº 123/2006
Art. 13
§ 1o O recolhimento na forma deste artigo não exclui a incidência dos seguintes impostos ou contribuições, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, em relação aos quais será observada a legislação aplicável às demais pessoas jurídicas:
XIII - ICMS devido:
h) nas aquisições em outros Estados e no Distrito Federal de bens ou mercadorias, não sujeitas ao regime de antecipação do recolhimento do imposto, relativo à diferença entre a alíquota interna e a interestadual;
Portanto, pelo que traz a legislação do Simples, onde diz "observadas as disposições dos § 1º e 3º do Art. 13", entendo que o mei não se exclui do pagamento do diferencial de alíquotas.
Abraços