Boa tarde Regina!
Para o transporte das mercadorias você não pode utilizar NF eletrônica da prefeitura, portanto para enviar as mercadoria para o canteiro de obras você terá que emitir nota ficsla modelo 1, 1-A ou 55 mesmo, conforme prevê o Art. 125, inciso I do RICMS/SP:
Artigo 125 - O contribuinte, excetuado o produtor, emitirá Nota Fiscal (Lei 6.374/89, art. 67, §§ 1º e 3º, e Convênio de 15-12-70 - SINIEF, arts. 6°, I, e 20, IV, na redação do Ajuste SINIEF-3/94, cláusulas primeira, III, e segunda, III; art. 7º, § 3º, na redação do Ajuste SINIEF-4/87, cláusula primeira, e art. 18, com alteração do Ajuste SINIEF-3/94, cláusula segunda, II, arts. 20 e 21, I e V, e § 1º):
I - antes de iniciada a saída da mercadoria;
Na nota fiscal de prestação de serviços você pode mencionar o valor dos materiais aplicados apenas para fins de abatimento na base de cálculo do ISSQN, dependendo da prefeitura onde o serviço estiver sendo prestado. Mas a remessa terá que ser feita nos moldes descritos acima mesmo.
Espero ter esclarecido, qualquer dúvida que permaneça fico a disposição.
Att,
Ericke