Caro Marcelo Rosa,
Para os serviços descritos na Lista de Serviços no subitem 7.02 (Construção Civil) o ISS é devido no local da Obra, portanto pode ser utilizada a nota fiscal de São Paulo com retenção para Fortaleza. A principio não vejo necessidade de filial mas as construtoras tem se esquecido de certos detalhes, vou tentar explicar com exemplo:
Uma construtora de São Paulo foi contratada para realizar um serviço em Fortaleza, no entanto subempreitou o serviço para uma empresa de Fortaleza, mas a construtora quem irá administrar a obra, com isso terá engenheiros no local da obra e os mesmos irão ficar em hotéis. Nesse caso não vejo necessidade de filial.
Um pouco diferente... Uma construtora de São Paulo foi contratada para realizar um serviço em Fortaleza, no entanto subempreitou o serviço para uma empresa de Fortaleza, mas a construtora quem irá administrar a obra, com isso terá engenheiros(funcionários) no local da obra e os mesmos irão ficar em uma casa locada pela construtora de São Paulo para diminuir as despesas, entendo que essa casa configure como um estabelecimento do construtor, principalmente se existir um escritório para atendimento, configurando assim a necessidade do CNPJ filial.
Artigo 3º da Instrução Normativa RFB nº 1634/2016:
Art. 3º Todas as entidades domiciliadas no Brasil, inclusive as pessoas jurídicas
equiparadas pela legislação do Imposto sobre a Renda, estão obrigadas a se inscrever no CNPJ e a
cada um de seus estabelecimentos localizados no Brasil ou no exterior, antes do início de suas
atividades.
§ 1º Os estados, o Distrito Federal e os municípios devem possuir uma inscrição no CNPJ,
na condição de estabelecimento matriz, que os identifique como pessoa jurídica de direito público,
sem prejuízo das inscrições de seus órgãos públicos, conforme disposto no inciso I do caput do art.
4º.
§ 2º No âmbito do CNPJ, estabelecimento é o local privado ou público, edificado ou não,
móvel ou imóvel, próprio ou de terceiro, onde a entidade exerce suas atividades em caráter temporário
ou permanente ou onde se encontram armazenadas mercadorias, incluindo as unidades auxiliares
constantes do Anexo VII desta Instrução Normativa.
§ 3º Considerase
estabelecimento, para fins do disposto no § 2º, a plataforma de produção
e armazenamento de petróleo e gás natural, ainda que esteja em construção.
§ 4º No caso previsto no § 3º, o endereço a ser informado no CNPJ deve ser o do
estabelecimento da entidade proprietária ou arrendatária da plataforma, em terra firme, cuja localização
seja a mais próxima.