Diferencial e alíquota para uso e consumo

Boa Tarde,
Tenho uma filial na cidade de São Paulo e adquirimos um produto pela internet para nosso uso e consumo, o qual foi adquirido em MG.
Nosso escritório de SP está com dificuldades para entender que temos que pagar o diferencial de alíquota na entrada. Eles alegam que trata-se de compra pelo E-commerce e estão confundindo com a emenda 87. Já solicitei consulta no Sefaz de SP mas não estou conseguindo resposta e além disso esse diferencial deveria ter sido pago em outubro e até agora não consegui pois não consigo convencê-los.
Esse diferencial entra na apuração do mês ou ele deve ser gerado uma Gare para pagar logo na entrada?
Quais legislação informam isso?
O calculo é só a diferença do interestadual para a interna? Porque aqui no RS temos que fazer o cálculo por dentro.

O cálculo é feito por dentro, e recolhido em Gare. Há Estados que cobram logo na entrada, vai de Estado para Estado, Legislação para Legislação, e se há protocolo entre os Estados envolvidos.