Boa tarde Elcimar,
Sim, deve ser realizado o pagamento do diferencial de alíquota à toda aquisição que se refira a revenda, industrialização, consumo e /ou integração ao ativo imobilizado conforme consta no artigo 115, inciso XV-A, alínea "a"do RICMS/SP cc Lei Complementar 123/2006, artigo 13, § 1º, inciso XIII.
Sugiro que verifique se a mercadoria esteja enquadrada no artigo 313 (de A até Z-20) do regulamento paulista em questão da substituição tributária, porque neste caso, deverá proceder conforme determina o artigo 426-A (mesmo regulamento). Salvo a exceções, ambas as hipóteses estão dispensadas se a vossa aquisição vier com a retenção do ICMS ST recolhido a favor do estado de São Paulo.