Cara Edmara Auxiliadora Gabriel Nunes,
Seu caso me parece um pouco mais complexo.
Primeiro temos de analisar a relação do engenheiro com a sua empresa, se ele for funcionário não há que se falar em ISS.
No entanto se ele é um prestador de serviços (profissional liberal), o serviço prestado por ele está relacionado no subitem 7.01 - Engenharia, agronomia, agrimensura, arquitetura, geologia, urbanismo, paisagismo e congêneres. quando se refere ao serviço de elaboração do projeto.
Já se o serviço desenvolvido por ele for de "Engenharia Consultiva" está relacionado ao subitem 7.03 - Elaboração de planos diretores, estudos de viabilidade, estudos organizacionais e outros, relacionados com obras e serviços de engenharia; elaboração de anteprojetos, projetos básicos e projetos executivos para trabalhos de engenharia.
E caso esteja relacionado ao acompanhamento de obras o serviço está relacionado no subitem 7.19 - Acompanhamento e fiscalização da execução de obras de engenharia, arquitetura e urbanismo.
Para os subitens 7.01 e 7.03 o ISS deve ser recolhido onde o prestador está estabelecido e para o subitem 7.19 o ISS deve ser recolhido onde o serviço é executado.
Porem, muito importante se ater ao artigo 4º da Lei Complementar 116/2003 que traz a seguinte redação:
Art. 4o Considera-se estabelecimento prestador o local onde o contribuinte desenvolva a atividade de prestar serviços, de modo permanente ou temporário, e que configure unidade econômica ou profissional, sendo irrelevantes para caracterizá-lo as denominações de sede, filial, agência, posto de atendimento, sucursal, escritório de representação ou contato ou quaisquer outras que venham a ser utilizadas.
Pessoalmente, entendo que se o engenheiro presta serviço de forma habitual na sua empresa e tem um espeço (escritório) específico para ele, existe o "estabelecimento" em São Paulo, vejo até a necessidade de inscrição no CCM da Prefeitura de SP.