Caro Leandro,
As reclamações para a NFP é feita em duas etapas, a primeira é a Reclamação que pode dizer que é uma fase de conciliação. e caso não ocorra um entendimento entre as partes, poderá existir uma DENUNCIA, ai sim a empresa poderá ter problemas, mas mesmo assim a denuncia será analisada.
2) Se mesmo com a Reclamação o registro do documento fiscal não for efetuado ou regularizado, o consumidor pode formalizar a DENÚNCIA contra o fornecedor:
2.1) se o fornecedor apresentar justificativa, a partir da data em que a justificativa foi apresentada até o 30º dia contado da data de registro da reclamação.
2.2) se o fornecedor NÃO apresentar justificativa, a partir do 20º até o 30º dia contado da data do registro da reclamação
3) Decorrido este prazo, sem que haja manifestação do consumidor, a reclamação é arquivada automaticamente pelo sistema, não podendo ser convertido em denúncia.
Como já foi feito um acordo, acredito que o reclamante(consumidor) não irá transformar a reclamação em denúncia, nesse caso a reclamação é arquivada como citei acima.
Mas veja que existe o prazo para sua "defesa", recomendo que se estiver no prazo, faça a sua justificativa.