Caro Danilo Moreno da Silva,
Sou auditor fiscal no município de Avaré.SP, próximo a vc, e aqui também solicitamos as Gias aos contribuintes para verificação do Valor Adicionado.
Só para melhor entendimento, 25% do ICMS vão para os municípios e para a distribuição dessa fatia foi criado o "índice de participação dos municípios", que determina o quanto cada município irá receber no decorrer de um ano, e o que mais influencia nesse índice é o Valor Adicionado, que são as transações que ocorrem dentro do município.
Por esse motivo a Lei Complementar Federal 63/1990, estipula o seguinte no artigo 6º:
Art. 6º Os Municípios poderão verificar os documentos fiscais que, nos termos da lei federal ou estadual, devam acompanhar as mercadorias, em operações de que participem produtores, indústrias e comerciantes estabelecidos em seus territórios; apurada qualquer irregularidade, os agentes municipais deverão comunicá-la à repartição estadual incumbida do cálculo do índice de que tratam os §§ 3º e 4º do art. 3º desta Lei Complementar, assim como à autoridade competente.
§ 1º Sem prejuízo do cumprimento de outras obrigações a que estiverem sujeitos por lei federal ou estadual, os produtores serão obrigados, quando solicitados, a informar, às autoridades municipais, o valor e o destino das mercadorias que tiverem produzido.
§ 2º Fica vedado aos Municípios apreender mercadorias ou documentos, impor penalidade ou cobrar quaisquer taxas ou emolumentos em razão da verificação de que trata este artigo.
§ 3º Sempre que solicitado pelos Municípios, ficam os Estados obrigados a autorizá-lo a promover a verificação de que tratam o caput e o § 1º deste artigo, em estabelecimentos situados fora de seus territórios.
§ 4º O disposto no parágrafo anterior não prejudica a celebração, entre os Estados e seus Municípios e entre estes, de convênios para assistência mútua na fiscalização dos tributos e permuta de informações.
Com base nesse artigo os municípios podem criar "obrigações acessórias" em relação as obrigações estaduais, portanto, perfeitamente legal a Notificação da sua prefeitura.
Somente entendo que tenham de flexibilizar o prazo que comentou, se não conseguir atender (em relação as anteriores) vc pode pedir prorrogação do prazo, e o prazo para entrega das futuras não pode ser inferior ao prazo estipulado pelo Estado, tanto que o nosso prazo aqui é de até o ultimo dia util do mês subsequente, mas com recomendação de entrega na mesma data do Estado, ou seja, quando manda para o Estado já envia para a Prefeitura.