kkkk desculpas Fernanda,
O que quis dizer é que no meu ponto de vista se não houver Protocolo, mas a mercadoria têm substituição tributária, deve ser emitida como operação normal. Neste caso se tem Protocolo, considere o CFOP adequado: 6401/6403/6404.
Cláusula primeira: Nas operações interestaduais com peças, partes, componentes, acessórios e demais produtos listados no Anexo Único deste protocolo, realizadas entre contribuintes situados nas unidades federadas signatárias deste protocolo, fica atribuída ao remetente, na qualidade de sujeito passivo por substituição, a responsabilidade pela retenção e recolhimento do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS, relativo às operações subsequentes.
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§ 3º O disposto no caput aplica-se, também, às operações com os produtos relacionados no § 1º destinados à:
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II - integração ao ativo imobilizado ou ao uso ou consumo do destinatário, relativamente ao imposto correspondente ao diferencial de alíquotas.
Protocolo ICMS nº 41/2008