De fato, conforme artigo 486 do Regulamento do ICMS/Pernambuco, o armazém-geral é responsável tributário pelo pagamento:
"Art. 486. O armazém-geral é responsável, na condição de contribuinte substituto, pelo pagamento do imposto relativo à saída ou transmissão de propriedade de mercadoria depositada por contribuinte de outra UF, nos termos do inciso II do artigo 5º da Lei nº 15.730, de 2016".
Está correto o fato do cliente ter reembolsado pois o armazém geral é apenas um prestador de serviço que consta na LC 116/2003.
Contudo, por questões de ordem prática e operacional, e para melhor gerantir o recolhimento do imposto ao Estado onde se situa o armazém geral, visto que o depositante é estabelecido em outra unidade da Federação, a legislação elegeu o armazém geral como responsável pela obrigação principal - sujeição passiva indireta.
Não sendo contribuinte, mas apenas responsável tributário, deve o armazém geral apurar o ICMS normalmente, compensando débitos e créditos? Entendo que sim, conquanto seja esta situação inteiramente anômala, talvez a única na legislação do ICMS. Deve ser feita, pois, a apuração normal débitos versus créditos porque o imposto pago pelo armazém geral deve ser compensado com o crédito relativo à entrada da mercadoria. E a única maneira racional e segura, para o fisco, de o armazém fazer essa apuração é através da escrituração do livro Registro de Apuração do ICMS (ver art. 486, §1º, RICMS/PE). Aliás, o Convênio SINIEF s/n e o RICMS referem-se explicitamente à escrituração de livros fiscais pelo armazém geral, além da obrigatoriedade da emissão da nota fiscal. Estamos, assim, diante do caso de um sujeito passivo indireto ao qual a legislação atribui todas as obrigações tributárias, acessórias e principal (em algumas situações), que cabem aos contribuintes comuns do ICMS.