Cara Cristiane,
O que vc descreveu é uma nota fiscal conjugada, onde no mesmo documento temos "duas" notas fiscais, uma de venda (Estadual) e outra de serviço (Municipal).
Aqui no Estado de São Paulo não temos mais esse tipo de nota fiscal pois a SEFAZ-SP não tem ainda como disponibilizar as informações dos serviços constantes na notas fiscais estaduais, sendo necessária a emissão de duas notas fiscais por aqui.
Recomendo que analise a legislação de seu estado e dos municípios envolvidos para ver se é possível a utilização de nota conjugada, sem for terá de pedir para corrigir a nota pois existem campos separados para o lançamento de cada coisa. e se não for possível a utilização de nota conjugada, deve pedir para quem emitiu essa nota substitui-la por duas notas, uma estadual e outra municipal.
Att, Reinaldo Fonseca
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Cuidado com o "COSTUME", a Legislação muda.