Boa tarde Andreia,
Se você optar pelo crédito outorgado terá direito a lançar no livro de apuração de icms em "outros créditos" um crédito outorgado no mesmo valor do ICMS das saídas internas tributadas e beneficiadas com a redução de 33,33% da BC - conf. lista de produtos do Art 52 do Anexo II do RICMS/SP.
Ao mesmo tempo você vai manter o crédito das suas entradas normalmente, porém deverá estornar o ICMS proporcional das saídas beneficiadas com relação ao total das saídas - vide cálculo demonstrado no art. 5º da Portaria CAT 35/17.
Em resumo, você vai trocar o crédito das entradas referentes às saídas internas beneficiadas pelo crédito outorgado no valor do ICMS das saídas tributadas.
Abçs.