Olá Cinthia,
Como citado pelo colega Lucas é um assunto bem confuso, a empresa na qual eu trabalho tem uma filial em SC e lá não cobra o DIFAL para este tipo de operação, porém SP tem outro entendimento:
Decisão Normativa CAT nº 7/2016 - DOE SP de 25.11.2016
ICMS - Operações e prestações interestaduais destinadas a contribuinte do ICMS que também desenvolve atividades não sujeitas a esse imposto.
O Coordenador da Administração Tributária, com fundamento no artigo 522 do Regulamento do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - RICMS, aprovado pelo Decreto 45.490, de 30.11.2000.
Considerando a publicação da Emenda Constitucional 87, de 16.04.2015, que trata da alíquota aplicável nas operações que destinem bens, materiais ou mercadorias para outros Estados, bem como da sujeição passiva para o recolhimento da diferença entre a alíquota interna e a interestadual ao Estado de destino, decide aprovar a proposta da Consultoria Tributária e expedir o seguinte ato normativo:
1. Nas operações e prestações interestaduais, caso o destinatário realize, com habitualidade ou em volume que caracterize intuito comercial, atividade sujeita ao ICMS, o mesmo será considerado contribuinte em todas as suas aquisições, ainda que desenvolva também atividade não sujeita ao imposto e independentemente da destinação que seja dada ao bem, material ou mercadoria adquirida.
2. Fica revogada a Decisão Normativa CAT 1/2013, assim como todas as respostas a consultas tributárias que, versando sobre a mesma matéria, concluíram de modo diverso.
3. Esta decisão produz efeitos na data da sua publicação.
Teria que ver certo a legislação do RJ, pois em SP para não pagar o DIFAL, a empresa tem que ser não contribuinte.
Atente-se também na EC 87/2015 pois nela tem de quem é a obrigação do recolhimento nas operações com contribuintes e não contribuintes.
Sugiro que formule um questionamento com sua dúvida junto a secretaria da fazenda do RJ, assim você fica amparada legalmente antes de tomar qualquer decisão.
Att,
Fabrício Octaviani