Bete , boa tarde !!
O cálculo da diferença entre a alíquota interna e a interestadual não se aplica à entrada de mercadorias oriundas de outros Estados ou do Distrito Federal, na hipótese do recolhimento do ICMS antecipado previsto no art. 426-A do RICMS-SP, uma vez que esse valor já engloba o diferencial de alíquota. (Comunicado CAT nº 26, de 18/4/2008 - (DOE 19/04/2008)
Conforme (art. 3º da Portaria CAT nº 75/08), nas hipóteses a seguir indicadas:
a) cuja operação interestadual esteja sujeita ao regime jurídico de substituição tributária;
b) recolhimento antecipado previsto no art. 426-A do RICMS-SP.
Nas hipóteses acima, tanto o recolhimento por substituição tributária quanto o recolhimento antecipado do imposto na entrada de mercadoria sujeita à substituição tributária interna em São Paulo, conforme previsto no art. 426-A do RICMS-SP, já engloba o diferencial de alíquota, portanto, nas situações expostas, não haverá recolhimento do diferencial.
Abraço,