Edmar, o Fisco não se manifesta, o próprio nome já diz 'manifestação do destinatário', assim, independente de passar em barreira fiscal (Posto Fiscal) pois é o destinatário (ou contador) que se manifesta com senha pessoal. Observe a cláusula décima quinta-A, V, Ajuste 07/2005:
"Cláusula décima quinta-A A ocorrência relacionada com uma NF-e denomina-se “Evento da NF-e”.
...
V - Confirmação da Operação, manifestação do destinatário confirmando que a operação descrita na NF-e ocorreu exatamente como informado nesta NF-e;
...".
Nem todo destinatário é obrigado a se manifestar (a razão de não encontrar algumas vezes essa confirmação no portal da NF-e), seria bom que todos se manifestassem espontaneamente, seria uma excelente informação para todos envolvidos.
Seja como for, para aprofundamento poderá ler a Nota Técnica da Nota Fiscal Eletrônica (NF-e) NT2012/002, que dispõe sobre as especificações técnicas necessárias para a implementação dos eventos da Manifestação do Destinatário: Ciência da Emissão, Confirmação da Operação, Desconhecimento da Operação e Operação não Realizada e da NT2013/001, informativo que versa sobre a Obrigatoriedade de Manifestação do Destinatário nas Operações com Combustíveis.
Também, ver anexo II, Ajuste Sinief 07/2005.
Obs. Os Fiscos podem obrigar outros além dos indicados no anexo II (Nota Técnica 01/2013), conforme cláusula décima quinta-B, §2º. O Ceará, por exemplo, por meio da Instrução Normativa nº 58/2013 obrigou outros contribuintes a se manifestarem. Mas repita-se, nem todos são obrigados, por isso não encontrou no portal da NF-e.