Julio, eu faço o calculo do diferencial de alíquotas sobre o valor das mercadorias que vieram sem a substituição, pois as mercadorias que tem substituição e vem de fora do estado já é aplicado uma MVA ajustada com o fim de fazer valer o "diferencial de alíquotas".
Veja o que diz na Portaria CAT - 178, de 17-9-2009:
Art. 1º, § 1º - Na hipótese de entrada de mercadoria proveniente de outra unidade da Federação cuja saída interna seja tributada com alíquota superior a 12% (doze por cento), o estabelecimento destinatário paulista deverá utilizar o “IVA-ST ajustado”, calculado pela seguinte fórmula:
IVA-ST ajustado = [(1+IVA-ST original) x (1 - ALQ inter)/ (1 - ALQ intra)] -1, onde:
1 - IVA-ST original é o IVA-ST aplicável na operação interna, conforme previsto no caput;
2 - ALQ inter é a alíquota interestadual aplicada pelo remetente localizado em outra unidade da Federação;
3 - ALQ intra é a alíquota aplicável à mercadoria neste Estado.