Caro Diogo,
Por força do artigo 6º da Lei Complementar 116/03 os municípios podem legislar sobre a atribuição da responsabilidade pelo crédito tributário, ou seja, substituição tributária, onde a prefeitura transmite para o tomador a responsabilidade de reter e recolher o imposto (ISS).
Por exemplo aqui em Avaré:
"Art. 253 – Na condição de substitutos tributários, são responsáveis pela retenção do pagamento do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza:
...
XXI. os órgãos da Administração Pública direta da União, dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios, bem como as Autarquias, Empresas Públicas, Sociedades de Economia Mista e as Fundações, instituídas e mantidas pelo Poder Público;
..."
Com isso existem vários casos onde tomadores (substitutos tributários) tem de reter, mas ... ai vem o grande problema... esses substitutos tributários, na grande maioria das vezes, não separa retenção de recolhimento, eles entendem que reteve tem de recolher no município, e não é bem assim.
Ele tem de reter, mas tb devem observar o artigo 3º da Lei Complementar 116/2003 para saber onde recolher o ISS. (o que raramente o fazem).
Esse código não se sujeita a retençao mesmo assim a Prefeitura da outra cidade reteu o ISSQN.
Portanto essa interpretação tb é equivocada, pode haver retenção para todos os subitens da Lista de Serviços, o que tem de ocorrer é o recolhimento no município correto.
Resumindo: A prefeitura de outro município tem de reter, mas teria de recolher no município onde o prestador está estabelecido. Lembro que o não recolhimento pode gerar uma divida no município do prestador para o tomador.