Marcelo, boa tarde
A nota precisa ser emitida para o Armazem que irá cuidar da mercadoria e este deverá emitir uma nota de retorno para vocês.
Estou te respondendo com base do estado de SP (saindo da sua empresa para o armazem e retornando do armazem para sua empresa), caso seja em outro estado, sugiro consultar:
REMESSA PARA ARMAZÉM GERAL
Na saída de mercadoria do estabelecimento depositante com destino a armazém-geral, será emitida Nota Fiscal que conterá, além dos demais requisitos:
I – o valor da mercadoria;
II – a natureza da operação: "Outras Saídas – Remessa para Armazém-Geral";
III – CFOP CFOP "5.905" ou "6.905", conforme o caso;
IV – a indicação do dispositivo legal em que estiver prevista a não-incidência do imposto: Art. 7º, inciso II do RICMS/SP para as operações internas.
Cabe lembrar que se o armazém-geral estiver localizado em outro Estado, deve ser destacado o imposto na nota fiscal.
RETORNO AO DEPOSITANTE
Na saída de mercadoria em retorno ao estabelecimento depositante, remetida por armazém-geral, este emitirá Nota Fiscal que conterá, além dos demais requisitos:
I – o valor da mercadoria;
II – a natureza da operação: "Outras Saídas – Retorno de Armazém-Geral";
III – CFOP "5.906" ou "6.906"
IV – a indicação do dispositivo legal em que estiver prevista a não-incidência do imposto: Art. 7º, inciso III do RICMS/SP, para as operações internas.
Ressalte-se que se o armazém-geral estiver localizado em outro Estado, a nota fiscal de retorno deve ter o imposto destacado na nota fiscal.
Artigo 7º do Anexo VII do RICMS/SP